Attorno alla figura di Giovanni Evangelista ruotano non pochi misteri. Su di lui poco si sa e per lo più a livello di notizie frammentarie. Da quanto sappiamo anche attraverso il racconto del Nuovo Testamento, era un apostolo incline alla sensibilità femminile tanto da venire raffigurato con una bellezza e una dolcezza che poco hanno in comune con la virilità e la mascolinità espressa dagli altri apostoli.
È una figura gemella e opposta, forse sostitutiva oltre che complementare. Complessa e affascinante tanto da stimolare accese note di ambiguità. Prima che il famoso thriller di Dan Brown "Il codice da Vinci" lo proponesse in relazione alla Maddalena come la vera figura che compare alla tavolata dell'Ultima Cena di Leonardo, era presentato con elementi di distacco dagli altri nella stessa narrazione evangelica. Compare come una figura dal narratore accarezzata nei suoi comportamenti, a voler suggerire contenuti importanti e a stimolare raffronti con gli altri soggetti vicini alla figura del Cristo.
Giovanni appare dal racconto evangelico come l'alter ego di Giuda. A differenza di Pietro spesso irruente e scarsamente consapevole di se stesso, egli si mostra silenzioso e riflessivo. Una presenza che nel suo silenzio non illude né delude, ma illumina come una timida candela i contorni della scena che ha come protagonista Gesù. Non è sicuramente il provocatore in senso buono rappresentato dal Battista che sembra sfidare la società dell'epoca introducendo nella storia la figura di Cristo. Se Giuda tradisce, rappresentando l'incidente da cui di sviluppa il dramma nel racconto sacro e la sua risoluzione, Giovanni è colui che rassicura pacatamente e non dà adito a brutte sorprese. Incarna l'essenza vera, armoniosa della Prima Chiesa che operava in segretezza nelle catacombe alimentata da una fede incrollabile.
A lui si fa corrispondere l'aquila, l'unico animale che riesce a volare guardando fisso il sole, come se la luce gli appartenesse e non fosse una graduale e ardua conquista. È il padre della Teologia e lo troviamo spesso nelle chiese rappresentato dal suo simbolo teriomorfo.
A Giovanni è stato attribuito uno dei Vangeli apocrifi non riconociuti dalla Chiesa ufficiale che li ritiene non ispirati da Dio in quanto espressione di un pensiero filosofico che confligge con il postulato di fede cristiano, molto più semplice e spesso dai vangeli apocrifi adombrato se non proprio contraddetto.
Tra i Vangeli apocrifi risulta anche quello di Maria Maddalena, figura relazionata alla corrente filosofica dello Gnosticismo e molto cara a Gesù. Che Giovanni fosse o no la Maddalena, ancora non è stato chiarito. Leonardo utilizza molto l'ambiguità nella sua arte pittorica e lo constatiamo anche analizzando la Gioconda secondo molti il suo autoritratto al femminile. Certo è che tra la Maddalena e Pietro pare non corresse buon sangue, come è indubbia la differenza tra Pietro e Giovanni che emerge dalle Sacre Scritture.
Al di là del dubbio sollevato sull'esistenza effettiva dell'apostolo caro a Gesù, dovremmo soffermarci sulle sensazioni che egli ci comunica e sull'esempio di cammino di fede che lui incarna e ci propone.